Paprikat ovat saatavilla useissa eloisissa väreissä, mukaan lukien vihreä, punainen, keltainen, oranssi ja jopa violetti ja suklaa. Paprikan väriin vaikuttavat monet tekijät, mukaan lukien niiden kypsyys, fytokemiallinen koostumus ja geneettinen rakenne.
Kaikki paprikat ovat aluksi vihreitä. Hedelmien väri eri kypsyysasteilla määräytyy hedelmiin kertyneiden karotenoidien tyypeistä ja tärkeimpien karotenoidien suhteellisesta pitoisuudesta. Esimerkiksi punaisen paprikan hallitsevia pigmenttejä ovat kapsantiini ja kapsorubiini. Keltaisista paprikoista sen sijaan puuttuu kapsantiini/kapsorubiini-syntaasi-entsyymi, eivätkä ne siksi pysty syntetisoimaan kapsantiinia ja kapsorubiinia. Sen sijaan ne sisältävät runsaasti zeaksantiinia, mikä johtaa keltaiseen ulkonäköön.
Tähän värinmuutokseen liittyy merkittäviä muutoksia paprikan ravintokoostumuksessa, erityisesti karoteenin asteittaisessa nousussa. Vihreän paprikan kokonaiskaroteenipitoisuus on 134 mikrogrammaa 100 grammassa, keltaisessa 196 mikrogrammaa 100 grammassa ja punaisessa paprikassa huimat 367 mikrogrammaa 100 grammassa, mikä on lähes kolme kertaa enemmän kuin vihreissä paprikaissa. Syö enemmän karoteenia sisältäviä ruokia on hyödyllistä silmien terveydelle.
Tummemmissa paprikoissa on karoteenin lisäksi hyvä kaliumpitoisuus. Vihreässä paprikassa on 163 mg kaliumia 100 grammaa kohden, keltaisissa 197 mg ja punaisissa 213 mg. Kalium{6}}rikkaiden elintarvikkeiden lisääminen ruokavaliossa ei ainoastaan auta ylläpitämään vakaata verenpainetta, vaan myös ylläpitämään normaalia lihasten ja sydämen toimintaa.